Fabio Malberti nasce a Desio (Mi) il 16 novembre 1976. Si rivela subito ottimo passista e cronoman, anche se da giovanissimo vince diverse gare in volata ed anche per distacco. Si specializza ad ogni modo nella corsa contro il tempo ed è in questa disciplina che ottiene il suo miglior risultato vincendo nel 1997 in Spagna il campionato del mondo individuale a cronometro nella categoria Under 23. L'anno prima si era aggiudicato il Giro delle Regioni, la più grande manifestazione mondiale a tappe per dilettanti, organizzata dalla Primavera Ciclistica. Passa professionista nel 1999 cambiando tre squadre, prima la Asics, quindi la Riso Scotti ed in ultimo la Amica Cips, prima di lasciare definitivamente nel 2004. Da professionista ha conquistato una vittoria nel 1999, la tappa a cronometro del Giro d'Argentina, deludendo le attese. Nel 1998 è giunto 15° ai Mondiali a cronometro.