Il Tour de l'Ain è stato creato nel 1989, in sostituzione del Prix de l'Amitié, da Dante Lavacca, Armand Peracca e Maurizio Josserand. Aperta ai dilettanti dal 1989 al 1992, la corsa diventa open nel 1993 e permette così il confronto tra 2 mondi - quello dei dilettanti e quello dei professionisti.
Nel 1999 CYCLISME ORGANISATION prende in mano l'organizzazione della corsa e quest'edizione segna il primo arrivo alla sommità del Grand Colombier che diventa la vetta emblematica della corsa. Nel 2002 il Tour de l'Ain accede alla classe superiore nella gerarchia internazionale (2.3 UCI) ed accoglie di conseguenza i migliori gruppi professionistici. Nel 2005 con la riorganizzazione del ciclismo mondiale la corsa viene inserita nell'UCI Europe Tour.