La storia ciclistica di Daniele Colli comincia nel 1989, all'età di sette anni, quando, indeciso tra il pallone e il ciclismo, grazie anche alla passione ciclistica di suo padre, prende la decisione di provare a correre in bicicletta. Alla prima gara, tesserato per la S.C.Biringhello, arriva quarto, alla terza gara ottiene la sua prima vittoria. Dopo le categorie giovanili, dove ha vinto molto, passa tra gli esordienti trovando qualche difficoltà. Da allievo ritrova la mentalità vincente, ottenendo 10 successi. Da juniores vince ancora dieci gare, ma soprattutto comincia a capire che può far bene; nel 1999 è Campione italiano su strada battendo un certo Damiano Cunego, nel 2000 è Campione italiano a cronometro. I primi due anni da dilettante (2000 e 2001) sono disastrosi per continui infortuni; corre con la Zalf Fior, ma sono poche le corse disputate e ottiene solo qualche piazzamento. Nel 2003 torna prepotentemente alla ribalta: vince quattro corse, è primo nella classifica a punti al Giro Baby e indossa la maglia azzurra ai Campionati Europei di Atene. Il 2004 è ancora migliore: ottiene ancora quattro successi, tra cui la classicissima G.P. Liberazione a Roma, ed indossa nuovamente la maglia azzurra ai Campionati Europei in Estonia. Ma la soddisfazione più grande é che riesce a strappare un contratto con una squadra professionistica, la Liquigas Bianchi, per il 2005-2006.