L'avventura di Daniele Pontoni nel mondo del ciclismo inizia quasi per gioco, nell'estate del 1979, quando, con un gruppo di amici decide di iniziare a correre con il G.S. Varianese nella categoria esordienti. Da quel giorno si divide tra ciclismo e calcio, poi a 16 anni decide di chiudere con il calcio e dedicarsi al ciclismo correndo per ancora 2 anni nella categoria juniores. Nelle categorie giovanili ha conseguito 4 vittorie su strada da allievo e 2 da juniores, mentre nel cross, varie vittorie con il 2° posto ai Campionati Italiani a Corva.
Poi nel 1984 smette di correre; lo stop dura 3 anni, durante i quali va per un periodo in Argentina dalla zia e poi effettua il servizio militare.
Nel frattempo ottiene il diploma di scuola Alberghiera e comincia a lavorare come cameriere, poi grazie alla lungimiranza e alla caparbietà del suo "maestro" Luigi Del Bianco torna al ciclismo.
Dapprima nel 1988, come cicloamatore, conquista il Campionato Italiano a Cesano di Roma; poi sulla spinta dell'entusiasmo e tramite Luigi Del Bianco e Armando Zamprogna, viene presentato ad Egidio Fior, e da lì il suo passaggio, nel 1989, alla Zalf Euromobil Fior dei fratelli Lucchetta e Fior. Questa è la svolta fondamentale per la sua carriera; l'8 gennaio 1989 conquista il suo primo titolo Italiano nelle categorie agonistiche e da qui ha inizio la serie di sedici Campionati nazionali consecutivi di ciclocross (l'ultimo nel 2004) anche se nel 1998 viene squalificato per un controverso caso di doping.
Il "folletto dei prati", come è soprannominato, è stato il primo Italiano a vincere una prova del Superprestige di ciclocross (Roma).
Ai mondiali di ciclocross, dopo il terzo posto del 1991, nel 1992 a Leeds in Inghilterra, riesce a conquistare la maglia iridata dei dilettanti.
Dopo questo successo inizia la richiesta, da parte degli organizzatori, a partecipazioni a gare in tutto il mondo e Daniele diventa una dei più grandi specialisti del ciclocross degli anni '90. Conquista due classifiche finali del Superprestige ('93-'94) e la Coppa del Mondo ('95). Il 2 febbraio 1997 all' "Olimpia Stadium" di Monaco vince il suo secondo campionato Mondiale categoria elite. In totale ha partecipato a sedici edizioni dei Mondiali di ciclocross cogliendo oltre a due successi, un secondo e due terzi posti; solo una volta non ha concluso la prova e per ben dodici volte è finito nei primi dieci.
Si è dedicato anche alla Mountain-Bike, ottenendo due titoli italiani nel Cross-Country (1997 e 1998). Ha gareggiato saltuariamente su strada, vincendo quattro edizioni della cronoscalata al Monte Prat.
A dicembre 2005 chiude la carriera vincendo l'ultima gara di ciclocross a Soligo (TV), con all'attivo oltre 250 competizioni vinte.