La carriera di Gianni Faresin tra i professionisti inizia nel 1988 con la Malvor. In questa stagione corre anche il Giro d'Italia, famoso per la tappa del Passo Gavia corsa in un clima da tregenda. Lo conclude in 50° posizione a un'ora e mezzo abbondante dall'americano Hampsten. Si propone come un corridore da corse di un giorno, forte in salita, ma non dotato di uno spunto irresistibile in volata. Nel 1991 vince il GP Industria e Artigianato di Larciano (che rivincerà anche nel 1992 e 1997) e il Gran Premio Città di Camaiore. Nel 1992 ad Olbia perde allo sprint con Giovannetti la prova valida per il campionato italiano. Nel 1995 arriva la vittoria più importante della sua carriera: a sorpresa si impone nel Giro di Lombardia staccando Daniele Nardello e Michele Bartoli e arrivando solo a Bergamo. Nel 1997 vince, nella calura di Larciano, il Campionato italiano, staccando il secondo, Francesco Casagrande, di oltre un minuto. Nel 2001 l'ultima vittoria al Trofeo Matteotti. Gianni Faresin è stato anche selezionato per 12 volte nella Nazionale per i Mondiali di ciclismo su strada correndone ben dieci, spesso con il ruolo di "regista in corsa". Nel 2004, dopo 17 stagioni da professionista, si ritira dal ciclismo e, in seguito, entra nello staff tecnico della sua ultima squadra, la tedesca Gerolsteiner. Successivamente diventa direttore sportivo di squadre elite/under23 italiane.