Partenza ufficiale alle ore 10.14. Al via 199 corridori, non parte Carlos Barredo del Team Liberty. Nei primi km andatura tranquilla e gruppo compatto. Al km 34 provano ad evadere Bart Dockx (Davitamon), Jose Joaquin Rojas (libertà), Bram Schmitz (T-Mobile) e David Boucher (Unibet). Su di loro si riportano Enrico Franzoi (Lampre) e Marco Righetto (Liquigas) ma la fuga viene annullata in breve.
Al km 68 attaccano Kevin Van Impe (Quick.Step), Enrico Franzoi (Lampre) e Joost Posthuma (Rabobank). Il vantaggio è minimo, Aaron Kemps (Liberty) e Alberto Curtolo (Liquigas) chiudono il gap e il gruppo è di nuovo compatto.
Nell'abitato di Kortrijk (km 85) prova l'attacco Andy Cappelle, ma anche il suo tentativo in breve viene annullato.
Al km 95 attaccano Thierry Marichal (Cofidis), Ludovic Auger (Française), Michael Albasini (Liquigas), Bram Schmitz (T-Mobile), David Boucher (Unibet) e Rik Reinerink (Skil) che in breve aumentano il loro vantaggio (50" al km 107). Al km 115 il ritardo del gruppo è già di 2'15". Il vantaggio sul gruppo arriva a sfiorare i 3', poi sul Molenberg, primo muro di giornata (km 145), Boucher e Reinerink si staccano, mentre in gruppo Boonen si mette in testa a fare l'andatura. Ma manca ancora molto al traguardo, e allora il plotone dà un altro pò di spazio agli attaccanti, che riprendono a guadagnare e ottengono un vantaggio massimo di 4'45" al km 162.
Sul Paterberg (km 178) Marichal e Schmitz staccano anche Albasini e Auger, mentre dietro la Quick Step guida l'inseguimento.
Sul Koppenberg (km 185), il più duro tra i muri di giornata, molti corridori scendono dalla bici e percorrono a piedi il tratto di massima pendenza. Non Boonen, che scatta deciso e fa il vuoto. In discesa si forma un gruppo con tutti i più forti: oltre a Boonen ci sono Bettini (Quick Step), Van Petegem (Davitamon), Cancellara (Csc), Julia Cegarra (Caisse), Albasini (che era in fuga), Hincapie (Discovery) e Petito (Tenax). Poi arrivano anche Pozzato, Baguet (Quick Step), Flecha (Rabobank), Zabel (Milram), Hushovd (Crédit Agricole), Ballan (Lampre), Hoste (Discovery), Kroon (Csc) e Klier (T-Mobile).
Ripresi e staccati Schmitz e Marichal, il lavoro principale è svolto da Pozzato che in veste di gregario traina il gruppetto dei battistrada a gran velocità. Ivanov (T-Mobile) prova a inseguire senza fortuna, e più indietro c'è un altro folto gruppo in cui è presente anche Paolini (Liquigas) il quale sul Koppenberg è incappato in una foratura che gli ha fatto perdere posizioni.
Dai primi si stacca Julia Cegarra, poi ai -42 km, sul Leberg, si defilano dal gruppo di testa anche Flecha e Baguet.
Ai -33 km, sul Valkenberg, Hoste allunga seguito prontamente da Boonen. Cancellara prova a inseguire da solo, ma arriva a 10 metri dai primi e poi non ce la fa più. Bettini fa da tappo tra gli inseguitori, e la coppia di testa prosegue in perfetto accordo incrementando sempre di più il vantaggio. Al km 226 Ballan prova ad attaccare, invano, poi scatta Petito, che resta fra la testa e gli inseguitori per alcuni km, prima di essere riassorbito dal plotoncino guidato da Klier (Bettini continua a fare da stopper, in aiuto al compagno di squadra iridato).
Ai -15 km, sul Grammont, Petito si stacca ma poi riesce nuovamente a riportarsi sugli immediati inseguitori. I due battistrada hanno 1'40" di vantaggio sugli inseguitori. Il Bosberg, l'ultimo muro della corsa, inizia ai -12 km ed è sempre Boonen, come sui precedenti muri, a fare l'andatura. Gli inseguitori, ancora tutti insieme, hanno un ritardo di 1'43". Negli ultimi km tra gli inseguitori si avvantaggiano Ballan, Cancellara, Van Petegem e Hincapie, ma i due di testa sono ormai irraggiungibili.
All'ultimo km, i 2 battistrada rallentano notevolmente cominciando a studiarsi. Solo ai 400 metri Hoste decide di partire, ma la rimonta di Boonen è inesorabile e lo porta alla vittoria del suo secondo Giro delle Fiandre. Per Hoste c'è la piazza d'onore, Hincapie chiude terzo. Quinto è Ballan, settimo Bettini che regola il terzo gruppetto.