Federico Ghiotto nasce il 4 dicembre 1963 a Montecchio Maggiore in provincia di Vicenza. Tra i dilettanti si mette in luce ottenendo importanti piazzamenti e vittorie. Nel 1983 conquista la classifica generale al Giro del Veneto e delle Dolomiti. Nel 1984 ottiene il terzo posto al Giro del Belvedere alle spalle di Renato Piccolo e Manrico Ronchiato mentre l'anno successivo con i colori della Zalf-Fior vince, a Trieste, il prestigioso Trofeo ZSŠDI superando Primož Čerin e fa sua La Popolarissima. Sempre nel 1985 Federico viene convocato per i Campionati del Mondo dilettanti a Giavera del Montello che vedono trionfare Lech Piasecki in cui il veneto chiude 21esimo.
Nel 1986 arriva la chiamata dei professionisti alla Vini Ricordi e Ghiotto si ritaglia il ruolo di gregario instancabile e fedele. Al primo anno tra i pro riesce a vincere la prima tappa della Settimana Ciclistica Internazionale sull'arrivo di Biancavilla e chiude al terzo posto finale. Federico ottiene anche il terzo posto al Grand Prix Pino Cerami 1986 vinto da Urs Freuler.
Nelle stagione '87 e '88, Federico Ghiotto corre con la Gis Gelati prendendo parte al Giro d'Italia mentre dall'89 al '91 è all'Ariostea.
Proprio sotto la guida di Giancarlo Ferretti arriva la vittoria più prestigiosa della carriera di Ghiotto che conquista la prima frazione della Tirreno-Adriatico 1991 sul traguardo Ottaviano staccando di 5 secondi lo svizzero Thomas Wegmüller e di 18 lo spagnolo Herminio Díaz Zabala. Ghiotto veste la maglia di leader della corsa e la conserva sino all'ultima e decisiva tappa a cronometro a San Benedetto del Tronto. La crono viene vinta dal forte Erik Breukink davanti proprio a Herminio Díaz Zabala che infligge 9 secondi di distacco a Ghiotto soffiandogli la vittoria finale alla corsa dei due mari.
Nel 1992 passa alla Jolly Componibili e poi alla Eldor-Viner prima di appendere la bicicletta al chiodo.

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