Media abbastanza controllata in avvio, al traguardo volante di Comunanza (km 66) Freire batte Hushovd e Petacchi, guadagnando altri 2" su quest'ultimo. Sullo slancio, i tre (insieme a Hondo e a Hincapie) se ne vanno via, guadagnando fino a 50" sul gruppo. Ma manca troppo al traguardo, e i 5 si rialzano. Paulinho e Carrasco si contendono il traguardo Gpm di Montefalcone Appennino (km 74), dove Cipollini è in difficoltà.
Sulla salita di Rapagnano (km 124) scattano Hamburger e Flores, poi sono Bettini e Caucchioli a muoversi all'inseguimento della coppia in avanscoperta. Quando i due italiani riprendono i battistrada, Flores si stacca subito, e Hamburger non resiste più di tanto. Bettini e Caucchioli ottengono un margine massimo di 37" al km 135. Sugli strappetti degli ultimi chilometri la corsa si infiamma. Ripresi i fuggitivi, prova a scattare Sella, ma è Freire ad allungare in contropiede. Si forma un quartetto, con gli stessi Freire e Sella e con Vicioso e Nuyens, mentre dietro Sacchi guida la Fassa Bortolo all'inseguimento. Il gruppo, ridotto ad una trentina di unità, riprende i quattro.
E immediatamente, al km 158, parte Di Luca. Alla sua ruota si mette Caruso, poi arriva anche Tiralongo. 12" per loro ai 9 km, ma i Rabobank sono spietati e braccano tutti. Ci provano anche Landaluze, e poi Devolder, che riesce a riportarsi sul terzetto di testa. Ma il gruppo è lì. Un problema meccanico ferma agli 8 km Petacchi, che perde le ruote dei migliori, per poi rientrare, ai 5 km, grazie all'aiuto di Petito e di Sacchi.
Lo spezzino riguadagna la testa del gruppo, ma allo sprint si trova chiuso ai 300 metri, mentre Hondo prende la volata in testa. Ma Freire esce prepotentemente e vince, stavolta in maniera più classica che nelle due precedenti, la tappa, allungando ormai nettamente in classifica grazie all'abbuono di 10" riservato al primo al traguardo.