La partenza del 100° Giro di Lombardia viene data a Mendrisio alle 10.46. Mossiere il Consigliere di Stato Gabriele Gendotti, muovono in 194. Non partono Leukemans e Millar.
Avvio velocissimo contrassegnato da continui scatti. Al km 28 allungano Caccia e Totsching. Poco dopo (km 29), rimangono coinvolti in una caduta, senza conseguenze, Hivert e Mazzanti. Caccia e Totsching hanno via libera e al km 34 transitano con 2'20" sul gruppo dal quale escono in quattro: Perry, Pagotto, Nosotti e Metlushenko. Al km 40 i due di testa hanno 2'06" sugli inseguitori mentre il plotone accusa già 4'55. Media della prima ora molto elevata: km 45,600. Al km 50 i due battistrada hanno 1'55" sugli inseguitori e 8'08" sul gruppo. Sul S. Fedele d'Intelvi gli immediati inseguitori perdono prima Nosotti poi Metlushenko. In cima al S. Fedele Caccia e Totsching hanno 2'18 su Perry e Pagotto, a 3'10" scollina Metlushenko, a 4'30" Nosotti, a 12'10" il gruppo. Al termine della discesa, km 70, i due fuggitivi hanno un vantaggio di 13'05" sul plotone mentre i due inseguitori Perry e Pagotto si avvicinano (1'12"). Metlushenko tiene ancora (2'50") mentre Nosotti perde terreno e transita con un ritardo di 6'50".
Ordini di scuderia impongono ai Caccia e Totsching di attendere Perry e Pagotto e il ricongiungimento avviene al km 82 dove i quattro vantano 2'55 sull'ucraino Metlushenko e 6'25" su Nosotti. Il gruppo a 12'50". Al km 98 caduta, per fortuna senza gravi conseguenze, per Wegmann, Maserati e Ziegler. Il plotone sonnecchia e al km 106 transita con un ritardo di 13'15", vantaggio massimo dei fuggitivi sul plotone, che al km 124 recupera Nosotti mentre Metlushenko tiene duro: pur scivolando all'indietro, l'ucraino contiene il ritardo: 6'45" a Bellano, dove il gruppo transita con 12' 50" di ritardo.
Sulla salita di Parlasca (Tartavalle) si vede Bettini nelle prime posizioni del gruppo. In cima i quattro in testa hanno 11'25" su Metlushenko e di 11'45" sul gruppo che riprende Metlushenko al km 139. Al chilometro 156, lungo la discesa dal Colle di Balisio, il margine dei fuggitivi è di 9'23". All'uscita da Lecco il gruppo accusa 7'20" di ritardo.
Il plotone rinviene fortissimo e il margine si assottiglia. A Oliveto Lario, km 182, è di 5'45", al km 194 di 4'40". All'attacco del Ghisallo di 3'44". Dapprima fra i fuggitivi si stacca Perry poi anche Caccia mentre Pagotto e Totsching procedono di buona lena. La progressione di Bettini in salita porta il gruppo a 3'22" e, rapidamente, a 2'40" dai due di testa. Il gruppo si fraziona in più tronconi sotto la spinta dell'azione di Bettini che porta il margine a 2'05". I due di testa a 50 km dall'arrivo hanno 1'33" sul gruppo Bettini (oltre all'iridato ci sono Sanchez, Rebellin, Di Luca, Boogerd, Riccò, Schleck) e 1'51" su un gruppetto con Moreni, Sella, Devolder, Carrara, Noè, Gustov. Valverde, leader del ProTour, è in difficoltà. A Guello Pagotto e Totsching hanno un margine di 1'10" sul gruppo Bettini, a 1'35" il plotoncino con Moreni, a 1'50" un terzo gruppo. Il gruppo Bettini rinviene sui primi due e li supera di slancio poco prima di raggiungere la cima del Ghisallo. Rimangono al comando cinque uomini (Bettini, Rebellin, Boogerd, Di Luca, Schleck) inseguiti a 15" da sette uomini (Pagotto, Moreni, Sanchez, Totsching, Carrara, Wegmann, Riccò), a 35" da altri tre (Sella, Gustov e Noè). Al k m 217 si riuniscono i primioì due gruppi e al comando sono in 12. A 45" il trio condotto da Sella che però desiste. Noe e Gustov scivolano anch'essi indietro, a 1'38". A loro si accoda Devolder. A 2' quel che resta del gruppo.
A 20 km dall'arrivo, prima del Civiglio, i 12 in avanscoperta hanno 2'30" sul gruppetto di Noè e 3'18" su un gruppo di 60 corridori tra cui non figura Valverde. Sul Cipiglio è in difficoltà Riccò mentre Rebellin e Moreni sono attivi nel fare l'andatura. Attacco di Di Luca cui risponde Bettini che se ne va inseguito da Wegmann. I due si ritrovano insieme quando all'arrivo mancano 11 km, nell'abitato di Como. Dietro di loro 6 uomini (Moreni, Sanchez, Rebellin, Carrara, Boogerd, Schleck) a 22". Dopo 500 metri dall'attacco del S. Fermo Bettini se ne va, con Wegmann che non riesce a rispondergli, ma che stringe i denti per non farsi riprendere dagli inseguitori. Bettini si tuffa in discesa verso l'arrivo e lo raggiunge in solitudine. Secondo è Sanchez, a 8", il quale con un numero in discesa è riuscito a riprendere Wegmann per poi batterlo allo sprint.