Niente pioggia e una temperatura intorno ai 13° accoglie gli atleti alla partenza. Il via alle 11.00 e dopo 20 km la prima caduta che coinvolge Ermanno Capelli. L'atleta della Saunier Duval-Scott, protagonista di una lunga fuga solitaria alla Gent-Welvegem, prende in pieno uno spartitraffico ed è costretto al ritiro.
Stessa sorte, qualche chilometro più avanti, per il norvegese Thor Hushovd (Credit Agricole), che cade in un tratto di pavè. Dopo 80 km si sviluppa la prima fuga di rilievo che ha per protagonisti Matthé Pronk (Cycle Collstrop), Jan Kuyckx (Landbouwkrediet-Tönissteiner) e Alexander Serov (Tinkoff Credit Systems), ai tre battistrada cerca di agganciarsi Pieter Ghyllebert (Topsport Vlaanderen), ma senza successo. I tre fuggitivi raggiungono un vantaggio massimo intorno ai sei minuti. Poco prima dell'inizio della foresta di Arenberg una caduta coinvolge anche Flecha e Pozzato, che sono costretti ad inseguire duramente per rientrare. A differenza di altre edizioni questo settore, fra i più temuti della Roubaix, non fa la differenza anche se il vantaggio dei tre uomini al comando si riduce a 1'24", mentre il gruppo di Pozzato viaggia con due minuti e mezzo di ritardo. Al settore 16, il più lungo con i 3,7 Km di pavè, in testa, da solo, Matthé Pronk, il suo vantaggio è ormai ridotto a 25" su un gruppo di una trentina di atleti fra i quali tutti i favoriti: Boonen, Cancellara, Hoste, Hincapie, Ballan. Il gruppo di Pozzato e Flecha a 1'25". Quando mancano poco più di 70 Km all'arrivo il primo gruppo inseguitore si riporta sul battistrada e dopo qualche chilometro prima Flecha e poi Pozzato coronano il loro inseguimento accodandosi agli uomini al comando. La corsa entra nel vivo ai meno 50 km con un tentativo di otto atleti: O'Grady e Calcellara per il Team CSC, Stijn Devolder e Tom Boonen per la Quick Step, Van Summeren e Leif Hoste per la Silence-Lotto, Martyn Maaskant (Slipstream Chipotle) ed Alessandro Ballan. Il gruppo che li insegue perde progressivamente terreno e davanti, al settore 9 di pavé (42 km all'arrivo) prova ad allungare il vincitore dell'ultima edizione del Giro delle Fiandre Devolder, raggiunto successivamente da O'Grady; i due battistrada hanno 18" sui 6 inseguitori mentre un gruppo di 22 corridori con Pozzato, Flecha, Wesemann e Nuyens viaggia con 1'14" di ritardo. I due proseguono appaiati per qualche chilometro anche se appare chiaro che la loro azione è di appoggio per quella dei loro capitani. In effetti Hoste è costretto a far lavorare duramente il compagno Van Summeren per riportarsi sui due al comando e questo risulta decisivo quando ai meno 36 Km attacca Boonen. Il portacolori della Quick Step allunga senza apparente difficoltà e solo Cancellara e Ballan sono in grado di prendere la sua ruota, tutti gli altri non hanno più le forze per chiudere sui tre. Per i battistrada è una cavalcata verso il traguardo e nei tratti di pavè solo qualche accellerazione, non troppo decisa, di Boonen e Cancellara non porta a nessun risultato. Sotto lo striscione dell'ultimo chilometro passa per primo Ballan con a ruota Cancellara e Boonen e nella stessa posizione si presentano all'ingresso della pista. Tenta lo sprint lungo l'italiano, ma vista la prima posizione non sorprende nessuno anzi, ai 200 metri viene superato a doppia velocità prima dal belga e poi dalla svizzero e Tom Boonen taglia a braccia alzate il traguardo aggiudicandosi per la seconda volta la Paris-Roubaix dopo la vittoria del 2005. Per il quarto posto Maaskant giunge con un ritardo di 3'39" e precede di una ventina di secondi nell'ordine O'Grady, Hoste, Devolder e Van Summeren.